Locus HLA klasy II i podatność na Podoconiosis AD 2

Podoconioza może również reprezentować uproszczony model interakcji gen-środowisko, które pozostają słabo poznane w wielu złożonych chorobach genetycznych. Zgłaszamy wyniki badania powiązań genomewidu, testów asocjacyjnych opartych na rodzinie i typowania HLA w południowej populacji Etiopii. Metody
Prowadzenie badań
Badanie zostało zatwierdzone przez komisje do spraw etyki instytucjonalnej Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Addis Abeba i Instytutu Badawczego Armauera Hansena – Centrum Kontroli Trądu, Walki z Gruźlicą i Ośrodkiem Rehabilitacji w Afryce, a także komitet ds. Przeglądu etycznego etiopskiego Ministerstwa Nauki i Technologii. Badanie przeprowadzono zgodnie z protokołem, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie. Wszyscy autorzy gwarantują dokładność i kompletność zgłoszonych danych oraz wierność badania do protokołu. Pisemną świadomą zgodę uzyskano od wszystkich uczestników po szybkiej ocenie etycznej, która badała czynniki społeczne, kulturowe i ekonomiczne, które mogą wpływać na proces zgody na badania genetyczne podoconiozy. Kwestie zidentyfikowane w szybkiej ocenie etycznej i podejście zastosowane w celu uzyskania zgody na to badanie zostały opisane w innym miejscu. [12,12] Uczestnikom wyjaśniono brak natychmiastowej korzyści terapeutycznej z badania genetycznego.
Uczestnicy badania
Uczestnicy badania zostali zwerbowani ze strefy Wolaita w południowej Etiopii z rodzin dotkniętych podoconiozą (próbki DNA pobrano od obojga rodziców i dwóch chorych rodzeństwa); osoby nienaruszone zostały zrekrutowane, aby służyć jako kontrole. Wszyscy uczestnicy pochodzili z tego samego szerokiego obszaru geologicznego, pokrytego czerwonawo-brązowymi glebami gliniastymi, zawierającymi cząstki o rozmiarach koloidów, pochodzące z bazaltowych skał wulkanicznych.13 Badanie asocjacji genomewidu przeprowadzono przy użyciu próbek od jednego losowo wybranego chorego rodzeństwa (dwóch zrekrutowanych ) z każdej rodziny i kontrola niezależna, niespokrewniona dla każdego przypadku pacjenta. Kryteria kwalifikujące do kontroli były obecny brak podoconiozy, brak osobistej lub rodzinnej historii podoconiozy, wiek co najmniej 50 lat (w celu zminimalizowania błędnej klasyfikacji potencjalnych pacjentów jako kontroli), pobyt w obszarze badań przez co najmniej 25 lat, narażenie na tę samą irytującą gliniastą glebę co przypadek pacjentów i niespójne użycie obuwia. W związku z tym kontrole były starsze niż pacjenci (średni wiek, 62 lata w porównaniu z 24 latami). Rodzinny test stowarzyszenia obejmował chorego rodzeństwo, którego nie uwzględniono w badaniu powiązania genomewidu, a także oboje rodziców z każdej rodziny.
Genotypowanie
Otrzymaliśmy próbkę śliny 2 ml od wszystkich uczestników. DNA wyekstrahowano za pomocą protokołu oczyszczania DNA (Oragene, DNA Genotek). Określono ilościowo DNA (odczynnik Quantico iT PicoGreen, Molecular Probes) zgodnie z protokołem producenta. Genotypowanie zostało wykonane przez firmę kontraktową (deCODE Genetics) za pomocą chipa (HumanHap 610 Bead Chip, Illumina), który zawiera ponad 620 000 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP). Genotypowanie dla rodzinnych testów asocjacyjnych zostało przeprowadzone przez KBioscience (www.kbioscience.co.uk). Typowanie HLA-DRB1, HLA-DQA1, HLA-DQB1 i HLA-DPB1 około połowy całkowitej liczby uczestników (94 pacjentów i 94 kontrole) zostało wykonane przy użyciu technologii wysokiej rozdzielczości (Luminex xMAP), która analizuje DNA próbki z oligonukleotydami specyficznymi dla sekwencji amplifikowanymi za pomocą testu reakcji łańcuchowej polimerazy.14 Procedury kontroli jakości i analizy danych są opisane w Dodatku Uzupełniającym (dostępnym w).
Wyniki
Zapisy i próbki
Charakterystykę uczestników badania zestawiono w tabeli i tabeli 2 w dodatkowym dodatku. Rysunek w Dodatku uzupełniającym podsumowuje powody wykluczenia próbek DNA od 8 pacjentów z podoconiozą i 12 kontrolami oraz z 32 358 SNP z analizy powiązań genomewidu. Ostateczny zestaw danych do analizy asocjacji genomewidu obejmował 551,840 autosomalnych SNP w 194 przypadkach pacjentów i 203 kontrole.
Znaczący nadmiar wspólnych alleli markerów identycznych ze względu na pochodzenie (z tego samego chromosomu rodowego) ze względu na tajemnicze powiązanie (genetyczne powiązanie wśród uczestników, które nie było znane badaczowi) lub zanieczyszczenie próbki został wykluczony jako powód do wykluczenia próbek z analizy danych, ponieważ wartości PI_HAT (miara stopnia związku genetycznego między uczestnikami) były mniejsze niż 0,05. Współczynniki inbredu wynosiły 0,03 lub mniej dla wszystkich uczestników i nigdy nie przekraczały 4 SD średniego współczynnika
[hasła pokrewne: dobry lekarz, leczenie depresji, endometrioza leczenie hormonalne ]
[przypisy: żaneta tymków, kabapol, diured ]