Locus HLA klasy II i podatność na Podoconiosis AD 3

Struktura populacji (różnice allelowo-częstotliwościowe między grupami osób, które powodują skojarzenia pozorne) była minimalna w próbie z powodu trzech czynników. Po pierwsze, wykresy z analizy głównych składowych wykazały, że wszyscy pacjenci należący do grupy przypadków należeli do tego samego klastra i nie było różnicy w odległościach między poszczególnymi stanami (stopień podziału allelu markerowego między parami osób) między pacjentami będącymi przypadkami a grupą kontrolną (P = 0,99). Po drugie, wykres kwantylowo-kwantylowy rozkładu statystyk testowych był zgodny z oczekiwanym rozkładem pod hipotezą zerową (ryc. 2 w dodatkowym dodatku). Po trzecie, wartość inflacji ? kontrolowania genomiki15 wynosiła 1,02 w obu modelach allelicznych i addytywnych, co wskazuje na brak struktury populacji. Niemniej jednak pierwsze cztery główne komponenty zostały uwzględnione jako współzmienne w analizie genomu w celu uwzględnienia potencjalnej resztkowej struktury populacji. Znaczące sygnały badania stowarzyszenia Genomewide
Tabela 1. Tabela 1. Wyniki skojarzeń genomewidu z allelicznymi i dodatkowymi modelami genetycznymi. Jedno locus, rs17612858, wykazało genomewidowe istotne powiązanie z podoconiozą (P = 1,42 x 10-9 w modelu allelicznym i P = 3,44 x 10-8 w modelu addytywnym). Ten międzygenowy SNP leży pomiędzy HLA-DQA1 (5,8 kb) i HLA-DQB1 (6,7 kb). Obecność mniejszego allelu (T) tego SNP była związana ze zwiększonym ryzykiem podatności na podoconiozę w sposób istotny (iloraz szans, 2,44 w modelu allelicznym i 2,19 w modelu addytywnym). 15 SNP o najbardziej znaczącym powiązaniu z podoconiozą z analizy asocjacji genomewidu przedstawiono w Tabeli 1. Większość z tych SNP mapuje do lub w pobliżu genów w locus HLA klasy II na chromosomie 6: na przykład, rs9273349 i rs1063355, w pobliżu HLA- DQB1; rs9270856 i rs9271100, w pobliżu HLA-DRB1; i rs9271170, rs17843604 i rs17612633, w pobliżu HLA-DQA1.
Rycina 2. Ryc. 2. Powiązanie polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) z podoconiozą. W panelach A i B każdy z 551,840 SNPs w chromosomach autosomalnych jest reprezentowany przez punkt. Im wyższy punkt (im wyższa ujemna wartość log10 P), tym bardziej znaczące jest powiązanie z podoconiozą. Punkty powyżej niebieskiej poziomej linii reprezentują SNP o wartości P mniejszej niż 10-5. Punkty powyżej czerwonej poziomej linii oznaczają SNP o wartości P mniejszej niż 5 × 10-8. Panel A pokazuje wyniki z allelicznego modelu genetycznego, który testuje powiązania z poszczególnymi allelami. Panel B pokazuje addytywny model genetyczny, który wykorzystuje test trendu Armitage. Panel C pokazuje sygnały asocjacyjne w rejonie 1MM HLA klasy II na chromosomie 6 otaczającym rs17612858 (fioletowy diament); każdy z pozostałych SNP jest reprezentowany przez szary okrąg wskazujący na brak równowagi w sprzężeniu (r2 <0,20). Lewa oś Y reprezentuje ujemne wartości log10 P obliczone za pomocą testu Trend Armitage. Prawidłowa oś Y przedstawia współczynnik rekombinacji (w centymorgach [cM] na megabazie [Mb]), oznaczony niebieską krzywą. Geny znalezione w regionie są pokazane we względnym położeniu pod działką; strzałki wskazują kierunek transkrypcji.
Figura 2 pokazuje wykresy wartości P dla asocjacji każdego SNP z ryzykiem podokoniozy i sygnałów asocjacyjnych na chromosomie 6. Regiony nie-HLA z niektórymi najbardziej znaczącymi asocjacjami obejmowały rs2906966 na chromosomie 17 (w pobliżu CDRT4 i FAM18B2), rs11644557 na chromosomie 16 (w ITFG1) i rs9514099 na chromosomie 13 (w pobliżu SLC10A2). Znaczenie genomewidu nie zostało osiągnięte w modelach dominujących i recesywnych, ale najbardziej znaczące powiązanie w modelu recesywnym było również znaczące w modelach addytywnych i allelicznych i miało silniejszy efekt (iloraz szans dla podoconiozy z rs17612858, 3,40, przedział ufności 95% [ CI], 2,07 do 5,58) (tabele 3 i 4 w dodatkowym dodatku).
Oceniliśmy udział wariancji w występowaniu podokoniozy, który można wytłumaczyć przez SNP, który uzyskał znaczenie dla genomu (rs17612858), a także wszystkie osiem SNP z najbardziej znaczącymi związkami z chorobą, stosując wartość R2 Nagelkerke a w logistyce. – model regresyjny obejmujący metodę współczynnika wstecznego – prawdopodobieństwo wiarygodności (patrz Dodatek dodatkowy). Osiem SNP wyjaśniło 15,6% wariancji, a SNP z najbardziej znaczącą wartością P (rs17612858) sam wyjaśniał 9,8% wariancji występowania podoconiozy.
Aby przetestować potencjalne interakcje między regionami HLA i nie-HLA, wybraliśmy SNP o wartościach P mniejszych niż 10-4 w addytywnym modelu genetycznym i przeprowadziliśmy testy epistazowe między selekcją 15 SNP w loci HLA klasy II i wyborem 38 SNP w genach innych niż HLA
[podobne: diabetolog, lekarz sportowy, Implanty Stomatologiczne ]
[podobne: uskom kożuchów, polswat, przychodnia łomżyńska bydgoszcz ]